Construido como residencia de recreo de los reyes taifas en el siglo XI,
bajo mandato del rey al-Muqtadir. Todavía se conservan restos de su
recinto fortificado. Fue construido como lugar de recreo y sirvió también
de edificio defensivo.
Las obras principales se deben a Abu-Jafar, rey de Zaragoza (1049-81).
Fue conocido como "Qasr-al-surur" o Palacio de la alegría. La
denominación de Aljafería alude al nombre de su promotor, el rey Abu
Yafar, conocido como Al-Muqtadir.
Fue residencia de los reyes cristianos tras la conquista de Zaragoza por
Alfonso I el Batallador.
Desde 1485 fue sede del Tribunal de la Inquisición incluidas sus cárceles.
Destaca la reforma de 1492 realizada por los Reyes Católicos. Durante la
cual realizaron modificaciones importantes como una escalera, una galería
y un conjunto de salas denominadas de los Pasos Perdidos con techumbre
gótico-mudéjar que culminan en el Gran Salón del Trono con soberbio
artesonado.
En 1593 Felipe II la transformó en cuartel y ordena adaptar el castillo para
las nuevas armas de artillería y su ingeniero Tiburcio Spanocchi añade una
barrera en talud con baluartes pentagonales en los ángulos y un foso.
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