Tras la conquista de Sancho Garcés I de Pamplona y Ordoño II de León de
Viguera, Nájera y La Rioja a principios del X, pasó a manos cristianas,
mejorándose sus defensas.
En el año 960 fue una de las prisiones donde se confinó al Conde Castellano
Fernán González.
En 1033 Sancho III el Mayor de Pamplona lo donó al Monasterio de San
Martín de Albelda y en 1074 pasa a manos de Urraca Iñiguez quien doce
años después lo cedió al Monasterio de San Prudencio.
En 1285 el rey Sancho IV confirma el privilegio de donación del castillo al
concejo de Logroño.
A finales del XIV, Diego López de Zuñiga regala a su hijo Iñigo la aldea de
Clavijo.
En 1440 el rey castellano Juan II concede la tenencia de Clavijo y Alfaro a
Juan de Luna.
En 1476 Pedro López de Zuñiga, Señor de Clavijo lo vendió a los Condes de
Aguilar, Señores de Cameros
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